گندزدایی آب به معنی حذف، غیرفعال سازی و یا کشتن میکروارگانیسمهای پاتوژنیک است. میکروارگانیسمها در نتیجه ازببن بردن رشد و تولید غیر فعال یا نابود می شوند. زمانی که میکروارگانیسم ها از آب آشامیدنی حدف نشده اند، استفاده از آب آشامیدنی ممکن است منجر به این شود که مردمی که از آن آب استفاده می کنند بیمار شوند. استریل کردن فرآیندی است که وابسته به گندزدایی است. به حهر حال در حین فرایند استریل کردن یا ضدعفونی کردن تمام میکروارگانیسم ها از قبیل خطرناک و بی خطر کشته می شوند.